1945年9月，根据中共中央指示，新四军长江以南的部队全部北撤苏北地区，华中军区、苏皖边区政府成立后，华中军区卫生部亦在淮安城（今淮安区）成立。11月，为整合原江南地区、苏皖地区的新四军医疗资源，华中军区卫生部着手于毗邻大运河的湖心寺组建华中军区第一后方医院，作为华中军区直属总医院，主要依托原苏浙军区卫生部野战医院、后方医院、苏浙军区一分区卫生部等。

医院初建时，职工达1200多人，收治任务为约1500名重伤病员，实际住院者常超过2000人。他们都是各地区转来、当地无法治疗的危重伤病员。基于两淮地区是华中首府，而华中军区第一后方医院的规模与条件也颇为合适，因此宋庆龄女士打算以华中军区第一后方医院为基础，将苏北国际和平医院设在淮安。宋庆龄在1946年初先后3次派国际友好人士严斐德赴湖心寺实地考察，了解实际情况。

宋庆龄收到严斐德的报告后，决定依托华中军区第一后方医院，按照其他国际和平医院标准，进行医疗器械和药物等方面的捐助。华中军区将第一后方医院改名为苏北国际和平医院。对外，由华中军区卫生部部长齐仲桓兼任院长、副部长李振湘兼任副院长，住院总医师由原华中第一后方医院院长陈海峰兼任。

宋庆龄按照美国陆军医院的规模，为医院配备250张床标准的全套装备，用700多条大小船只，分批从上海经镇江、扬州、江都、邵伯，沿运河运送到湖心寺。全套骨科手术器械和骨科专用特制床、X光机、显微镜、冰箱，以及蒸馏器、消毒器、大量换药用具和X光胶片，甚至连病历纸和常用的护理用具等，也都有配备，几乎是野战医院所需的全部物资。

苏北国际和平医院成立伊始，国民党军队便对苏皖解放区进行了重点进攻，医院也更多地担负起战时医疗的任务。1946年7至8月，医院收治苏中战役重伤病员1607人，9月收治两淮保卫战伤病员1415人。9月22日，国民党军队侵占淮安，苏北国际和平医院在河下镇的一批伤员，由陈海峰率领从河下东街撤出，先转移至淮安县的苏家嘴，再转至沭阳县的圹沟、周集一带继续治疗。此后，又收治了大批宿北战役中的伤病员。在北撤转移山东后，苏北国际和平医院的名称虽已不再使用，但依然发挥着重大作用，先后收治了莱芜战役、孟良崮战役、诸城战役中的伤病员5000余人。