道光二十六年（公元1846年）九月，年过七旬的泗州人杨殿邦由侍郎外放，出任位于淮安府的漕运总督，管理江苏、山东、安徽等八省漕政，属下文官武将达270多人，还下辖仓储、造船、卫漕兵丁2万多人，可谓位高权重。

可贵的是，杨殿邦担任漕运总督六年多，能体谅造船、运输工人的难处，对出事故的工人从宽处理，并妥善解决生活问题。而他对各级官员则纪律严明。如江苏武进县知县陈嘉勋、丹徒县知县张元揆、宝山县知县刘果等官员都因收粮、治河不力被杨殿邦弹劾，后被革去官职；大河二帮千总王泽兼管回空事务，擅自离船，听任水手停泊，回淮后又不销差，被杨殿邦革职；泗州卫守备王元桂因管束兵丁不严，被杨殿邦革职勒休。对于高级官员，杨殿邦奏参也是不讲情面的。道光二十九年（1849年）十一月，他奏参淮扬道道台查文经，查文经被革职；参奏河道总督杨以增督办不力，杨以增被摘去顶戴。

杨殿邦不顾年老体迈，不辞劳苦地经常亲临运河，督查、指挥漕运，还整顿漕运，重新制定《漕兑运事宜章程》。除了漕运，杨殿邦还兼管治安，尤其是海盗案件。道光二十七年（1847年）十一月二十日，杨殿邦呈报《为陈近日洋面不靖事片》。道光二十八年（1848年）二月甲子，杨殿邦奏拏获洋盗。二月底，杨殿邦奏报发现夷船沿江直上江宁，立即上报。当时，海运漕粮试验成功，朝野发生了一场“海运与河运争议”，许多官员提出废除河运，杨殿邦提出异议，并不反对海运，主要是考虑到数十万依赖漕运生活的船工、运丁会因此失去工作，运河沿线为漕运服务的千百万百姓失去生活路子，会影响社会安定。最后，朝廷会商结果是河运、海运并举。考虑到一大批因海运而失业的漕工，杨殿邦连上奏章，要求江南各州县出资金妥善遣散帮船水手，以免这些失业水手闹事，这些措施暂时保障了这一大批人的生活。督运漕粮是个有风险的苦差事，因风霜雨雪等气候原因，漕粮运输有时延迟，就要受到处分。咸丰二年（1852年）八月丁亥，因迟误漕粮，漕运总督杨殿邦被降三级留任，并摘去顶戴，这样的处分不止一次，常常是戴罪立功，争取早日撤销处分。

咸丰三年（1853年）二月十一日，太平军占领南京，两江总督陆建瀛、江宁将军祥厚、副都统霍隆武等被斩首，江苏巡抚杨文定逃走。朝野震惊，人心惶惶。八十一岁老翁杨殿邦成为在苏级别最高的官员，朝廷令他带兵上战场。二月二十二日，杨殿邦带领数百人前往瓜洲，防止太平军过江攻打扬州。得知数万太平军已经攻占镇江，料定寡不敌众，无力回天，于是他连夜率兵离开瓜洲，不顾兵临城下的扬州城，自行往淮安方向撤退。扬州城的官员、士绅知道无法抵御太平军的进攻，于是筹集重金奉献太平军，与太平军达成协议，太平军承诺和平进入扬州城，不杀一人。二月二十三日，太平军走进城门大开的扬州城，扬州府的文武官员早已逃得无影无踪。扬州城避免了南京城那样数万人人头落地的大屠杀，客观上保护了一大批军民的性命，但统治阶级不愿看到这样的结局。咸丰帝得悉扬州城兵不血刃落入太平军之手，龙颜大怒，立即降旨：江苏巡抚杨文定革职、判极刑；漕运总督杨殿邦革职，充军发配新疆；扬州府、县官员一律撤职严办。此后，咸丰帝又连下三道圣旨：立即将杨殿邦送往新疆服劳役，不得以任何借口拖延。

杨殿邦，翰林出身，长期在朝中任要职，多次出任乡试、会试主考官，门生故旧众多。朝中有吏部尚书、协办大学士周祖培及上书房总师傅、武英殿大学士贾桢；地方上有安徽巡抚福济、清河知县吴棠等人，这些弟子、老友以种种借口搪塞、糊弄咸丰帝，拖延达四年之久，最终不了了之。最后，咸丰帝同意留杨殿邦在军中戴罪立功，还给了一个安徽帮办团练大臣的官职。杨殿邦亲自到庐州、凤阳、泗州、六安等地劝捐，得到大笔资金，铸造虎蹲大炮二十余尊，立下大功。咸丰九年（1859年）九月初，杨殿邦因积劳成疾，病逝于军营中。官至贵州按察使的弟子鲍桂生闻讣十分悲伤，作《哭杨叠云师》，共四首。其中第二首云：“无端白下鼓鼙喧，瓜步仓皇讵忍言。毕竟中流谁砥柱，淮南鸡犬感公恩。”意思是，太平天国占领南京，杨殿邦撤离瓜洲是迫不得已的事，他不是武将，不应承担中流砥柱的角色；他弃守瓜州、扬州，实际上是救了扬州百姓，扬州的鸡犬都应该感恩戴德才是。为报答师恩，鲍桂生曾把杨殿邦的《菜香小圃馆课诗》作详注、写跋，出资刻印出版，今存。

咸丰帝得报也十分伤心，颁发恩旨：“已革漕运总督杨殿邦在安徽办理团练，积劳身故，赏给道衔，照道员例赐恤”。杨殿邦以道员的身份体面地安葬于淮安城东杨家花园内，儿孙得到特殊荫庇，后来名宦辈出，他的事迹载入《清史列传》，流芳后世。