明清时期，京杭大运河是重要的交通要道，对于发展南北经济意义重大，因此，保障漕运和治理黄河、淮河、京杭大运河便成了朝廷的头等大事。淮安是漕运总督和江南河道总督的驻地，黄河、淮河、京杭大运河在此交汇，长期是漕运和河防重地。在明清时期修纂的淮安方志中，多设有“漕运”和“河防”专章，专门记述与淮安相关的漕运与河道治理方面的制度与实践。

明嘉靖年间，漕运总兵杨宏和指挥使署都督同知谢纯合撰的《漕运通志》，是记述明代漕运制度的专门性志书。书中详细记述了明永乐年间平江伯陈瑄在淮安督理漕运、开凿清江浦河、设置五闸、兴建船厂等活动。其后，明清时期历部《淮安府志》和《山阳县志》大都设有“漕运”专章。如清乾隆年间《淮安府志》设有“漕运”一卷，详述漕运变迁，其首述明代至清乾隆年间淮安漕运发展脉络云：“明初以勋爵大臣督运事。至景泰间始改用文臣，王竑以都御史督漕，与总兵官协理，同驻山阳，是为文、武二院并设，而武院坐文院上……至国朝，设总督漕运部院兼巡抚事。清顺治四年（1647年），设满州侍郎一员，与总漕同理漕务，名为总理。清顺治十八年（1661年），凤阳另设抚臣，总漕专管漕务，其总理撤回，理刑刑部主事亦裁去，惟漕储道至清康熙四年（1665年）始裁，各省有督粮道皆遥隶焉……”清同治年间《重修山阳县志》还有一段关于淮安与漕运关系的经典论述，现常为研究淮安地方文化的学者所引用：“凡湖广、江西、浙江、江南之粮艘，衔尾而至山阳，经漕督盘查，以次出运河。虽山东、河南粮艘不经此地，亦皆遥禀戒约，故漕政通乎七省，而山阳实咽喉要地也。”清宣统年间《续纂山阳县志》卷四“漕运”卷附“盐课”“关榷”，总结了淮安府首县山阳与大运河带来的漕运、盐业、钞关之间一荣俱荣、一损俱损的历史联系：“漕运总督自移驻清河，旧存漕署已就旷废，然漕标兵弁，多在山阳……自清光绪二十七年（1901年）起，各省河海运一律停废，改征折色。次年因屯卫尽裁，漕务无事，遂裁漕督。光绪三十年（1904年）改设江北巡抚，光绪三十一年（1905年）复改为江北提督。嗣是院署传舍，吏散籍亡，欲访故老而零落尽矣。”

明清时期，淮安地处黄河、淮河、京杭大运河、洪泽湖交汇处，洪水灾害严重，故淮安旧志多设“河防”专章，主要记述治理黄河的情况，兼及全境水利建设情况。明朝前期，黄河水患不严重，《淮安府志》等方志中均无“河防”专章。明朝后期，黄河水患开始严重，发生了复筑高家堰、草湾改道等事件，清朝又发生了水淹泗州城、淤平钵池山等事件。故明万历、天启年间和清康熙、乾隆、光绪年间的《淮安府志》以及明崇祯年间《淮安府实录备草》均有“河防”专章，详述某一时期内河防水利的总体思路、修筑的主要河道和闸坝设施等情况。比如，明天启年间《淮安府志》卷十三“河防”不仅记载了明万历年间修高加堰（即高家堰）、归仁堤，开永济河、草湾河等珍贵史实，还归纳了巡守抢修黄河大堤的一些方法、经验，如昼防、夜防、风防、雨防、官守、民守等，为后人研究古代水利情况提供了宝贵资料。

清咸丰五年（1855年），黄河改道从渤海入海，淮河流域的黄泛区依然频繁发生水灾。清宣统年间《续纂山阳县志》卷三弃用传统的“河防”卷名，而采用“水利”这一卷名。后来，民国淮安县接续清末《山阳县志》续纂的志书，在卷一“疆域”、卷二“建置”之后，便设“水利”卷，这也表明治理淮河在当时执政者的眼中依然是举足轻重的民生大事。